制药工程系主要负责制药工程和药物制剂2个本科专业的教学组织。其学科支撑有制药工程与技术博士点、药物化学博士点、制药工程硕士点、药学硕士点、制药工程工程硕士点及制药工程与过程化学教育部工程研究中心。
　　制药工程专业的前身“化学制药（工学）”专业是1952年建校时的五大专业之一，是国内设置最早的同名专业，1953年开始招生，1998年教育部专业调整更名为制药工程专业，2006年获选为学校六大品牌专业进行重点建设，2008年1月获选为教育部第二批高等学校特色专业建设点，现为教育部高等学校制药工程专业教学指导分委员会的主任单位，牵头起草了我国《制药工程专业规范》。本专业团队力量雄厚，具有丰富的教学和科研经验，教学水平居国内一流，半个多世纪以来，已为国家培养了包括中国科学院院士周俊、国家中药制药工程中心主任沈平孃等在内的超过3000名制药领域的优秀人才，为我国制药工业的发展做出了重要贡献。本专业涉及化学制药、中药制药、生物制药、农药制药等领域，均属于国家重点发展的行业，在国计民生中占有重要地位。本专业的目标是培养既具有扎实的药学专业知识，又具有较强的工艺放大和工程设计能力，既能从事药物的研究开发，更擅长从事制药企业工程技术管理工作的高级制药工程技术人才。
　　药物制剂专业设立于1993年，1994年开始招生。本专业拥有一支精干且富有经验的教学和科研队伍。目标是培养既能从事药物的剂型研究开发和工艺设计，又擅长制剂企业技术管理的工程技术人才。自成立以来，已培养毕业生400余名，普遍受到用人单位的欢迎和好评。